Megaton-kyuu Musashi adalah anime yang menceritakan orang-orang yang menjalani kehidupan yang damai dan memuaskan disebuah kota biasa. Tetapi mereka tidak tahu bahwa itu adalah perdamaian palsu. Kebenaran yang tak terhitung… Bumi telah dihancurkan…
99,9% umat manusia telah dimusnahkan oleh kekuatan asing misterius dari luar angkasa. Musuh bernama “Dracters.” Akhirnya, sebuah lubang besar dibor di bumi dan diubah menjadi lingkungan yang cocok untuk tempat tinggal alien. Manusia tidak punya pilihan selain bersembunyi di tempat penampungan untuk menghindari mata mereka. Menunggu hari kebangkitan yang mereka tidak tahu kapan datangnya…
Penghuni tempat penampungan Ixia telah menghapus ingatan mereka tentang hari kehancuran, dan menjalani kehidupan normal tanpa mengetahui apa pun tentangnya. Namun, beberapa dari mereka, “yang terpilih”, telah menjadi pilot, mengemudikan robot raksasa yang disebut “Rogue” dan berperang melawan alien. Hari ini, pilot baru lainnya dipilih…
