Jepang, 2039. Sepuluh tahun setelah pecahnya “Apocalypse Virus,” sebuah peristiwa yang secara serius dianggap sebagai “Lost Christmas,” negara yang dulu bangga ini jatuh di bawah kekuasaan GHQ, sebuah pasukan militer independen yang didedikasikan untuk memulihkan ketertiban. Funeral Parlor, sebuah kelompok gerilya yang dipimpin oleh Gai Tsutsugami yang terkenal, bertindak sebagai pejuang kemerdekaan, menawarkan satu-satunya perlawanan terhadap despotisme kejam GHQ.
Inori Yuzuriha, anggota kunci dari Funeral Parlor, bertemu dengan Shuu Ouma yang lemah dan tidak ramah selama operasi yang penting, yang menghasilkan dia memperoleh “Kekuatan Raja” – kemampuan yang memungkinkan pengguna untuk mengeluarkan manifestasi dari kepribadian individu. , atau “void.” Sekarang sebagai peserta yang tidak rela dalam perjuangan melawan GHQ, Shuu harus belajar untuk mengendalikan kekuatan barunya jika dia ingin membantu merebut kembali Jepang sekali dan untuk selamanya.
Guilty Crown mengikuti kisah penuh aksi dari seorang siswa sekolah menengah yang diseret ke dalam perang, memiliki kemampuan yang akan membantunya mengungkap rahasia GHQ, Funeral Parlor, dan Lost Christmas. Namun, ia akan segera mengetahui bahwa kebenaran datang dengan harga yang jauh lebih besar daripada yang bisa ia bayangkan.